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1、客观原因形成的风险
农户小额信用贷款是基于农户信用发放的贷款，贷款本身从借款人方面就潜在着“信用风险”，信贷员要准确的把握成千上万农户的诚信度就是一项长期性、复杂性、艰巨性的工作；农户贷款的用途主要是用于种植、养殖业的投入以及消费性贷款，而种养业又是弱质产业，农民又是弱势群体，农业受自然和市场的影响较大，存在着较大的自然及市场风险。一旦出现自然灾害导致农业减产、农产品销售受阻，将直接导致农民减产、减收，还贷能力减弱。这些风险都具有不确定性的特点，一旦出现，农户贷款就难以清收或难以到期归还，这就将导致农业的自然及市场风险将直接转化为贷款风险。
2、贷前调查流于形式
信用社信贷人员人力相对薄弱，有的网点甚至主任兼信贷员，而辖内农户成百上千，要对每户农户都做到详尽、细致的了解工作量可想而知，在短时间内很难完成。因此，面对农户经济档案的建立（年审）；信用等级的评定，这些涉及面广、工作量大、时间要求相对集中的专项工作，一些信贷员就不得不求助于村、组干部，甚至是不太了解辖内农户的内勤人员。
3、贷款审查存在漏洞
由于农户小额信用贷款实行“凭证发放、随用随贷、额度控制、周转使用”的办法，其发放大多由临柜人员办理，在办理贷款时严格坚持“两证”、“三见面”的原则，而临柜人员对其贷款用途的真实性是无法加以严格的考查的，这就造成实际上有些农户乱报贷款用途，而贷款后转借他人，形成顶名贷款；另一些借款人贷款根本没用于其正常的家庭生产、生活等，而是用于个人的不正常消费支出（比如赌博等），造成贷款到期不能按时归还，以至出现家庭纠纷，最终形成贷款风险。
4、贷后检查监督机制不健全
贷后检查是贷款“三查”制度的重要环节，为降低贷款风险，提高资金的流动性、安全性、效益性，信用社应加强贷后检查工作。但“重发放，轻管理”的经营理念已在大部分信贷员脑中烙下了深刻的印记。一方面，农户小额信用贷款对象广、额度小、分布散、行业杂、所以工作量相对较大，而信用社信贷工作人员力量相对薄弱，这就削弱了对农户小额贷款的监管。另一方面，一些信贷员有“重企业，轻农户”的思想意识，认为贷后管理只适应于大额贷款，对小额农贷不适用。有的信贷员甚至认为农户贷款金额小，形成贷款风险每户不过几千元或万余元。
5、信贷人员素质低下，形成道德风险
由于农户小额信用贷款从建档、评级、授信、发证、到最后放款都是人为操作的，加之有些信用社人员相对不足，所以有些信贷人员利用人手不足、审查不严、操作上不规范等漏洞，搞人情贷款，自批自用贷款，假冒贷款，有的甚至给客户出主意化整为零，一户多证或一户多贷，形成实质上的“垒大户”，最终诱发贷款风险。
