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总体来看，货币基金可能遇到的风险主要有三方面。首先是常见的流动性风险。货币基金流动性风险产生有几方面原因：一是基金所投资品种的剩余期限。组合的剩余期限越长，流动性风险一般也会越高。二是基金杠杆运用比例。杠杆高则流动性风险也会随之增大，遇到巨额赎回，杠杆比例较高的基金可能面临流动性风险。三是基金经理操作不慎或者违规操作可能导致的流动性风险。
其次是收益风险。货币基金采用摊余成本法定价，即计价对象以买入成本列示，按照票面利率或协议利率并考虑其买入时的溢价和折价，在剩余存续期内平均摊销，每日计提损益，这为基金每日净值归1提供了估值依据。理论上，如果市场环境一直保持基金购买证券时的环境不变，则摊余成本法计算的价值与货币基金持有证券的公允价值一致。但市场环境时刻变化，这种定价方式使得货币基金按照市场公允价值计算的资产存在一定的偏差，甚至亏损。例如，一只面值为1000元的60天到期的证券，买入成本为994元，摊余成本法计价会在其到期日之前每天将其价值提升0.1元〔（1000-994）/60=0.1元〕，并不考虑市场变化，所以摊余成本法实际上忽略了潜在的市场风险。
再次是管理操作风险，这与基金经理日常的职业操守密切相关。货币基金经理需要将流动性风险管理放在首位。对于投资策略而言，流动性、收益性和风险性这三者不可能两个都好或者全都能保证。
除了上述传统风险点之外，2015年以来股市、债市等基础市场波动带来的流动性风险以及2016年委外基金赎回的潜在风险，都需要基金管理人和货币市场基金投资者重点关注。由于委外定制型基金持有人结构高度集中，机构同质化，资金呈现“大进大出”特点，市场突变情况下赎回行为高度一致，可能给基金投资运作带来较大压力。
