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按病种付费是指医疗保险经办机构和参保人员以病种的一次完整住院或日间病房诊疗过程为付费单元，按预定标准向定点医疗机构支付费用的付费方式。办法规定，按病种付费的病种应当通过遴选与自主申报相结合的方式产生。市人力社保行政部门依据参保人员发病情况，遴选临床路径明确、技术成熟、质量可控且费用稳定的病种，建立推荐实施病种目录。市卫生计生行政部门认定适于在日间病房开展的病种，以及定点医疗机构自行申报的其他病种，符合医疗保险按病种付费实施条件的，纳入病种目录管理。按病种付费的病种，依据主要疾病诊断和主要治疗方式进行分类管理。应当以统一的疾病诊断和手术操作分类编码为分类标准，非手术治疗以主要治疗要素为分类标准。病种付费标准是医保基金和参保人员向医疗机构付费的预定标准，同级别医疗机构相同病种执行统一的付费标准。其中，三级医疗机构的病种付费标准通过医疗机构申报和专家论证相结合的方式确定;一、二级医疗机构的病种付费标准参照三级医疗机构标准下调一定比例后确定。
办法明确，定点医疗机构应严格掌握诊疗标准，将疾病主要诊断和主要治疗方式符合病种标准的病例全部纳入按病种付费。按病种结算的医疗费用，包含病种一次住院或日间病房诊疗过程中，所涉及的药品费、检查费、护理费、治疗费、手术费、材料费、床位费等医疗费用，以及院内、院外的会诊费用，医疗机构要求或推荐患者外购的药品、材料等费用。超出医保支付标准的床位费用以及临床用血互助金等费用，按规定由患者个人承担，不纳入按病种付费结算范围。
按病种付费结算的医疗费用，由基本医保统筹基金(含职工大额医疗费救助资金)和参保人员按照付费标准支付，具体分担标准如下：(一)应由参保人员个人负担部分，以实际发生医疗费用、病种付费标准两者较低值为结算依据，按照本市医保住院报销有关规定计算。其中，日间病房的病种费用，不设起付标准。(二)参保人员个人负担部分以外，与病种付费标准差额部分，由基本医保统筹基金支付。(三)参保人员个人负担部分，按规定享有各类补充保险(包括城乡居民大病保险、公务员医疗补助、城乡医疗救助、优抚对象医疗补助、残疾军人医疗补助等)待遇。按规定应由参保人员个人支付的病种医疗费用，由患者在出院时与定点医疗机构结算;基本医保基金及各类补充保险支付部分，由定点医疗机构按规定与医保经办机构结算。
办法要求，定点医疗机构应当按照本办法规定和卫生计生行政部门要求，制定按病种付费运行的内部管理制度，加强考核管理，规范诊疗服务行为，保证医疗服务质量。制定实施病种的临床路径并报送医保经办机构，加强临床路径管理，合理收治、合理诊疗、合理收费，不得通过降低入院标准、放宽手术指征、升级诊断、串换诊断等方式将不符合条件的病例纳入按病种付费，不得额外收取与病种诊疗无关的医疗费用(超出医保基金支付标准的床位费除外)。
