每年最高省30%
审计报告指出，由于专项资金管理权限分散在不同部门，按项目下达、分条线考核，主管部门对统筹整合存在“三不愿”：担心失去行政管理权不愿整合、担心职能被调整不愿整合、担心机构人员编制缩减不愿整合;基层政府存在“三不敢”：怕失去专项支持不敢整合、怕得罪主管部门不敢整合、怕影响业绩不敢整合，导致财政资金统筹整合要求难以完全落实，多头管理和项目小、散、乱的状况没有根本改变。
审计抽查中央投资补助的41个项目中，有13个用虚假资料、违规多头申报等方式获得补助8637万元;抽查69个县的农林水事务补助，有13.83亿元(占5%)被骗取、侵占或损失浪费，如湖南省澧县一家保险公司与29个乡镇政府串通，通过虚假投保、虚假报案、虚假理赔，在2013年至2015年骗取种植业保险保费补贴4061.03万元，乡镇政府通过“返还”获利1673.25万元。
财政转移支付制度是分税制财政体制的重要内容，包括一般性转移支付和专项转移支付。一个时期以来，专项转移支付项目过多、分配过散、管理链条长、资金绩效不高等问题一直是社会各界关注的重点，也是审计的一个重点。
全国人大常委会委员尹中卿提出，按照新预算法规定，县级以上各级政府应将下级政府的转移支付预计数提前下达下级政府，下级政府应当将其编入本级预算。中央对地方的一般转移支付应在全国人大批准预算后30日内正式下达，专项转移支付应当在90日内正式下达。然而，2015年中央转移支付向地方下达的时间过晚。有的项目推进迟缓使大量资金结转，中央文化产业发展专项补助的18个项目年底结存1.99亿元(占补助总额的83%);审计抽查的42个中央部门中，有6个部门和3家所属单位年底项目结转结余26.95亿元，还有1.77亿元通过以拨代支转入项目单位。
他表示，今后要严格执行新预算法，进一步提高中央支出预算转移支付年初落实到地区的比例，提高预算到位率，并按规定时限下达。
尹中卿认为，财政部今年第一次向全国人大常委会提交了中央对地方转移支付分地区决算，但目前中央与地方事权和支出责任划分仍然不清晰，中央对地方转移支付超过中央本级支出近一倍。专项转移支付总规模接近中央预算收入的30%，资金管理涉及50多个部门。
全国人大常委会委员卫留成表示，中央有关部门经常讲要划分中央和地方的事权和财权，但到目前为止没有明确划分。其中一个重要原因是部门利益，如果这种情况不解决，会影响财政资金的使用效益和经济社会发展。
南京审计大学副校长裴育多年来一直关注审计报告，他表示，从2007年开始，审计报告连续9年关注转移支付和专项资金使用的问题，主要反映了部分一般性转移支付有限定用途、专项转移支付清理整合不到位、专项资金多头管理等问题。比如一些专项转移支付归并后管理方式并没有发生根本性改变，仍存在“碎片化、部门化、司处化”的现象，使得地方政府无法统筹使用。
一般来说，一级政府、一级事权、一级财权，建立财权与事权相匹配的分税制财政体制，是理顺完善政府间财政关系的第一要务。从近年审计情况看，当前财政运行和地区发展中存在的许多问题，很大程度上都与政府间财权与事权划分不清，以及体制制度、运行机制和管理方式不完善有关，只有用改革的办法才能切实解决这些问题。
多年来，审计工作报告对转移支付中存在的各类突出问题持续关注并反映，2015年2月，国务院发布了《关于改革和完善中央对地方转移支付制度的意见》，提出在完善一般性转移支付制度的同时，着力清理、整合、规范专项转移支付，增强地方财政的统筹能力。
裴育认为，需要相关部门进一步落实国务院要求，深入剖析预算分配与项目确定、专项规划、制度规定衔接不够、几本预算划分不够清晰，以及转移支付制度不完善等影响财政改革深化的问题，更加系统深入地剖析体制制度机制问题，加大改革推进力度，促进财政转移支付制度根本性变革与完善。
